Sebagai bukti dokter yang profesional, FK UNEJ menjalin kerjasama dengan berbagai pihak, baik luar maupun dalam negeri. Konjungsi yang pertama dan utama dilakukan dengan rumah sakit. Untuk melahirkan dokter umum kemitraan dengan rumah sakit menjadi konsentrasi tersendiri fakultas ini. Kami sadar betul bahwa fondasi hubungan yang kuat antara fakultas kedokteran dan rumah sakit pendidikan turut menjadi kunci penting suksesnya pendidikan kedokteran. Perkembangan ilmu kedokteran, mulai dari pendidikan, praktik klinik, kemajuan teknologi, hingga area riset, mau tidak mau harus tersentuh kolaborasi internasional. Tantangan global itu coba dijawab oleh fakultas ini dengan menjalin kerja sama dengan berbagai institusi di luar negeri.