Kurikulum Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) di FK UNEJ adalah seperangkat rencana dan pengaturan mengenai tujuan, isi, bahan kajian, bahan pelajaran serta cara penyampaiannya, dan penilaian hasil belajar yang digunakan sebagai pedoman penyelenggaraan kegiatan pembelajaran di PSPD FK UNEJ.
Pendidikan kedokteran di FK UNEJ dilaksanakan dalam tiga fase yang diselenggarakan selama 11 semester. Fase I dan II merupakan tahap akademik atau tahap pendidikan sarjana (S1). Peserta didik yang menyelesaikan dua fase ini mendapatkan gelar Sarjana Kedokteran (S.Ked.). Selanjutnya adalah fase III, merupakan tahap pendidikan profesi yang lulusannya mendapatkan sebutan dokter (dr.).

Untuk mempermudah pencapaian tujuan pembelajaran, pada tahap pendidikan akademik dibuat tema dalam setiap semester yang disusun secara runtut, proporsional, konsisten, dan logis. Tema ini menjadi kerangka penguasaan kompetensi dalam setiap semester, sehingga proses belajar lebih terarah. Penyusunan modul tutorial, modul praktikum, modul ketrampilan medik, serta modul lain disesuaikan dengan tema semester berjalan. Berikut ini adalah uraian masing-masing fase dalam Kurikulum Berbasis Kompetensi Pendidikan Dokter FK UNEJ.

Sejak tahun 2006 PSPD FK UNEJ melaksanakan kurikulum berbasis kompetensi (KBK). PSPD FK UNEJ menetapkan standart kompetensi yang harus di capai merujuk pada Standar Kompetensi Dokter Indonesia (SKDI) yang ditetapkan oleh KKI pada tahun 2007.
Dari kompetensi tersebut selanjutnya dibuat mapping (dikelompokkan) berdasarkan tahun keberapa kompetensi tersebut dapat dicapai, sehingga terbentuk kurikulum tahunan. Selanjutnya kurikulum tahunan dibagi atau dipecah menjadi kurikulum mikro (blok), masing-masing enam blok. Fakultas juga memasukkan muatan lokal yang diintegrasikan dengan KBK. Adapun struktur dan isi kurikulum adalah:
1. Sarjana 148 SKS
2. Profesi 40 SKS

Kurikulum Pendidikan Dokter di FK UNEJ diselenggarakan berdasarkan paradigma baru pendidikan dokter yang dikenal dengan SPICES . yaitu: Student centered learning, Problem-based learning, Integrated, Community Based Oriented, Early Clinical expossure, Self directed learning.
Kurikulum Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Jember diselenggarakan berdasarkan paradigma baru pendidikan dokter yang dikenal dengan SPICES. Problem-based learning (PBL) menjadi strategi utama dengan tutorial sebagai jantung kegiatan dalam proses pembelajaran. Kegiatan belajar dilaksanakan berdasarkan modul yang berisi skenario sebagai triger atau pemicu dalam belajar. Rangkaian kegiatan dimulai dari tutorial pertama yang dilanjutkan dengan pencarian informasi secara mandiri, perkuliahan, konsultasi pakar, praktikum dan kegiatan lain yang mendukung. Informasi yang telah diperoleh selanjutnya divalidasi pada tutorial kedua. Tutorial diselenggarakan dalam kelompok kecil yang didampingi oleh seorang fasilitator. Untuk mempersiapkan peserta didik menjalani pendidikan profesi dengan optimal diselenggarakan pelatihan ketrampilan medik di laboratorium ketrampilan medik. Kegiatan ini diselenggarakan di seluruh semester dengan materi relevan dengan tema blok.

Diskusi Tutorial
Diskusi tutorial dapat dilaksanakan dalam kelompok kecil yang beranggotakan 10-15 mahasiswa atau dalam kelompok besar dengan dipandu oleh tutor yang bertugas sebagai fasilitator. Dalam berdiskusi mahasiswa akan dihadapkan pada masalah dalam bentuk skenario sebagai pemicu dalam diskusi. Setiap skenario diselesaikan dalam dua kali pertemuan dengan selang waktu 3-4 hari. Diskusi dilakukan dengan pendekatan seven jumps (tujuh langkah) yang terdiri dari:
(1)  Mengklarifikasi istilah/konsep
(2)  Menetapkan permasalahan
(3)  Menganalisis masalah
(4)  Menarik kesimpulan langkah (3)
(5)  Menentukan tujuan belajar
(6)  Belajar mandiri
(7)  Menarik kesimpulan dari seluruh informasi yang telah ada.

Langkah (1) sampai dengan langkah (5) dilaksanakan pada pertemuan pertama sehingga diperoleh hal-hal yang akan dipelajari seperti yang ditetapkan dalam tujuan belajar. Langkah (6) dikerjakan di luar kelompok untuk mendapatkan referensi yang bisa diperoleh dari belajar mandiri, perkuliahan, praktikum, konsultasi pakar, serta kegiatan lain yang berkaitan. Langkah (7) dilaksanakan pada pertemuan kedua, yang merupakan validasi atas seluruh informasi yang diperoleh pada saat langkah (6). Pada langkah ini terjadi diskusi dengan mengkonfrontasi hasil penelusuran informasi yang telah didapat.

Perkuliahan
Perkuliahan diselenggarakan untuk memperjelas konsep atau teori yang sulit dipahami, atau merupakan pengetahuan yang khusus sehingga membutuhkan seorang pakar untuk membantu peserta didik dalam meningkatkan pemahaman suatu materi. Kuliah dilaksanakan dalam bentuk interaktif berdasarkan masalah. Kuliah dapat diselenggarakan secara terjadwal maupun atas permintaan bila diperlukan.

Praktikum
Praktikum bertujuan meningkatkan atau memperjelas pemahaman suatu materi serta memberikan ketrampilan bekerja di laboratorium.

Pelatihan Keterampilan Klinik
Pelatihan ketrampilan medik bertujuan memberi bekal ketrampilan profesional seorang dokter agar siap ketika mengikuti pendidikan profesi dokter. Dalam kegiatan ini peserta didik dilatih berbagai ketrampilan dasar yang dibutuhkan untuk menjadi seorang dokter menggunakan manekin dan pasien simulasi. Ketrampilan yang diberikan mulai dari prosedur diagnostik, prosedur klinik, serta ketrampilan lain yang relevan.

Kerja Klinik
Kerja klinik berupa kegiatan menjalankan pekerjaan profesional seorang dokter dibawah bimbingan supervisor klinik dalam tatanan pelayanan kesehatan yang nyata.

Kerja Lapangan
Kerja lapangan dimaksudkan untuk melatih peserta didik berinteraksi secara langsung dengan masyarakat untuk menerapkan ilmu kedokteran yang telah diperoleh. Kegiatan lapangan dilakukan di puskesmas, desa binaan, daerah bencana alam, pabrik farmasi, serta lingkungan industri (secara khusus agroindustri).

Konsultasi Pakar
Konsultasi pakar dilaksanakan secara terjadwal atau atas permintaan mahasiswa apabila menemui kesulitan dalam memahami konsep atau teori ketika diskusi tutorial maupun belajar mandiri. Konsultasi pakar bisa dilaksanakan dalam kelompok kecil maupun besar tergantung kebutuhan.

Belajar Mandiri
Belajar mandiri dilaksanakan dalam rangka menggali informasi yang lebih luas atau lebih dalam tentang suatu materi yang terkait dengan masalah yang sedang dipelajari sehingga dapat memahami sebuah materi secara komprehensif.