Tahun 1990 dirintis pembentukan Fakultas Kedokteran di Jember dengan membuat proposal Program Studi Pendidikan Dokter dan mendapat dukungan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Timur dan respons yang positif dari Gubernur Kepala Daerah Tingkat I di wilayah Indonesia Timur yaitu NTB, NTT dan Timor Timur.

Pada tahun 1997 diadakan Lokakarya Pengembangan Fakultas – Fakultas Kesehatan di Lingkungan Universitas Jember oleh Prof. Dr. Ma’rifin Husin sebagai Ketua Konsorsium Ilmu Kesehatan. Dimulailah era baru untuk persiapan pembentukan program tersebut yang kemudian diikuti oleh beberapa Lokakarya mengenai Kurikulum, Kesiapan RSUD. dr. Soebandi Jember, Kerjasama dengan Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga Surabaya dan kerjasama dengan Rumah Sakit Kabupaten di sekitar Jember seperti Lumajang, Bondowoso, Situbondo dan Banyuwangi, dan diakhiri dengan kunjungan Komisi Disiplin Ilmu Kesehatan pada tanggal 27 Desember 1999 dalam rangka pembukaan Program Studi Pendidikan dokter.

Pada tanggal 27 April 2000 dikeluarkan Keputusan dari Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 120/Dikti/Kep/2000 tentang pembukaan Program Studi S –1 Pendidikan Dokter di Universitas Jember, dengan ketua program studi Prof. dr. Soenarjo. Pada tanggal 02 Januari 2003 : RSUD dr. Soebandi Jember diresmikan oleh Menteri Kesehatan R.I menjadi Rumah Sakit Type B Pendidikan sebagai “ Rumah Sakit Pendidikan “ bagi Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Jember.

Sejak tanggal 19 Juni 2006 telah terbit SK Nomor : 4557/J25/PP.9/2006 tentang pembentukan Fakultas Kedokteran Universitas Jember dengan dekan pertama adalah dr. Wasis Prajitno, Sp.OG. Berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi atas Program Studi yang memiliki ijin operasinal sah dari Kementerian Pendidikan Nasional dan Kementerian lain Nomor : 008/BAN-PT/Ak-XIV/S1/VI/2011 tanggal 23 Juni 2011 Fakultas Kedokteran Universitas Jember telah terakreditasi dengan peringkat B.

Hasil pencapaian itu meningkat pada tahun 2016 setelah ter Akreditasi oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PTKes) dengan predikat “Akreditasi A” dan mendapatkan hasil yang sama pada tahun 2022 dengan predikat “Akreditasi Unggul” dengan Nomor SK 0418/LAM-PTKes/Akr/Sar/VI/2022 untuk Program Studi Pendidikan Dokter dan Nomor SK 0418/LAM-PTKes/Akr/Pro/VI/2022 untuk Program Studi Profesi Kedokteran serta pada tahun 2023 ini FK UNEJ kembali mendapatkan kado spesial dengan Terakreditasi Internasional ASIIN.