Laboratorium merupakan salah satu bagian yang sangat penting dalam sebuah lembaga pendidikan khususnya fakultas kedokteran, keberadaan laboratorium bukan hanya sekedar difungsikan sebagai kegiatan belajar mengajar saja tetapi didalamnya dilengkapi dengan berbagai instrumen, peralatan dan bahan kimia (reagen) untuk melakukan karya eksperimental, kegiatan penelitian dan prosedur pemeriksaan.
Memiliki sebuah labioratorium yang terstandar merupakan hal yang wajib bagi institusi, Fakultas Kedokteran Universitas Jember saat ini telah memiliki 10 laboratorium yang telah dilengkapi dengan berbagai peralatan canggih, terstandar dan didukung oleh pranata laboratorium pendidikan yang sudah tersertifikasi Good Clinical Laboratory Practice, hal ini dalam rangka memenuhi segala kebutuhan mahasiswa dan dosen. Berikut adalah laboratorium yang ada dilingkungan Fakultas Kedokteran Universitas Jember.